Durante su juventud, el padre de Kakashi fue un ninja muy venerado por la aldea oculta de Konoha, pero éste había abandonado una misión crucial para el pueblo, a fin de salvar las vidas de sus compañeros de equipo. Deshonrando por los aldeanos y hasta por sus compañeros, decide suicidarse. Deseando evitar la deshonra de su padre, Kakashi había adoptado la filosofía de que el éxito de una misión debe ser asegurado a toda costa.
En años posteriores, Kakashi fue asignado por su maestro, Minato Namikaze, a llevar a cabo una misión que pudiera hacer que la guerra se volviera a favor de Konoha. Cuando su compañera de equipo, Rin, fue capturada por el enemigo, Kakashi había decidido seguir con la misión y luego ir en búsqueda de su compañera, pero Obito rechazó esa alternativa, indicando que aquellos que abandonen una misión son escoria, pero los que abandonan a sus compañeros son peor que escoria. Conmovido por las palabras de Obito, va al rescate de su compañera, pero en el camino pierde su ojo izquierdo en una batalla. Después de rescatar a Rin, el enemigo detona la cueva donde se encontraban, aplastando la mitad derecha del cuerpo de Obito, quien le dice a Rin que le implante su Sharingan a Kakashi, como regalo por haber sido ascendido a Jōnin.Con ayuda de su nuevo ojo, Kakashi logra salir de la cueva y cumplir con la misión, pero a la vez triste por la muerte de su compañero.
Kakashi acompaña al resto del Equipo 7 como líder y sensei. En la primera parte tiene un interés especial hacia Sasuke Uchiha, ya que, según él, eran parecidos. Entrenándolo en ocasiones a él solamente, con el objetivo de mantenerlo lejos de Orochimaru, uno de los enemigos de Konoha, quien durante los Exámenes Chūnin le colocó un sello maldito a Sasuke. Sus esfuerzos se vuelven inútiles cuando Sasuke escapa de la aldea en búsqueda de Orochimaru al final de la primera parte.
Dos años y medio después, en la segunda parte, Kakashi reforma el Equipo 7 con Naruto, Sakura, Sai y Yamato; quienes deciden ir en busca de Sasuke otra vez. Sakura lucha con uno de los miembros más poderosos de Akatsuki llamado Sasori, en donde logra salir victoriosa y como resultado de su victoria, Sasori le revela que tiene un espía vigilando a Orochimaru, y que se iba a reunir con éste en el «Puente del Cielo y la Tierra». Sakura le da esta información al Equipo 7, pudiendo saber por medio de ella la ubicación de Sasuke. El equipo utiliza esta pista para encontrar a Sasuke, pero una vez más que son incapaces de impedir que escape.
Mientras que están decepcionados por no haber logrado su objetivo, el Equipo 7 intenta de nuevo encontrarlo, aunque después de que casi lo capturan, pierden su rastro y se ven obligados regresar a casa. En la lucha de Jiraiya contra Pain, Jiraiya muere, dejando un código en la espalda del viejo sapo Fukasaku, que mostraba como se podía derrotar a Pain. Kakashi, Shikamaru y Naruto logran descubrir el código casi por completo. Fukasaku ofrece llevarse a Naruto a Myobokuzan para entrenarlo y enseñarle las técnicas del ermitaño, para que pueda vengar al sannin. Más tarde, Pain y Konan invaden la aldea oculta de Konoha, donde Kakashi tiene una batalla con Pain, pero es derrotado y asesinado.
Sin embargo, después que Pain se enfrentó a Naruto, decide utilizar todo lo que le queda de su poder para revivir a todos los muertos en la batalla, incluyendo a Kakashi. Tras esta batalla, Danzō es nombrado como el nuevo Hokage, ya que Tsunade se encontraba inconsciente. Más tarde, el Raikage le envía una carta al nuevo Hokage, el cual acepta la petición de colocar a Sasuke en el «Libro Bingo», libro donde se encuentran escritos los nombres de todos los criminales peligrosos, por lo que Kakashi decide acompañar a Naruto a ver al Raikage junto con Yamato. Luego de revelarse en la reunión de los cinco Kages, las intenciones de Danzō, se le revoca el cargo como Hokage, mientras que Kakashi pasa a asumir el cargo de facto, pero no elegido aún de manera oficial. Más tarde, cuando Sakura intenta asesinar a Sasuke, Kakashi logra detenerla, y luego de que aparece Naruto y tiene un breve enfrentamiento con Sasuke, ambos equipos regresan a sus aldeas.
